海原县建于清同治十三年（1874年），当时名海城，民国三年（1914年），因与辽宁省海城县同名，遂以海喇都原简化改为今名海原县。
　　春秋战国时期为戎人游牧区，秦属北地郡。汉属安定郡。魏属原州，魏晋时期亦为少数民族居住。隋属平凉郡。唐复属原州，神龙三年（705年），置萧关县后，分属原州萧关县和会州会宁县。五代时受吐蕃、党项部族控制，宋咸平五年（1002年），党项族夺得以天都山为主的今海原县境。1038年，西夏建国，属西夏，元昊在今县境西置南牟会城。宋元丰四年（1081年），南牟会城被宋军焚毁。此年西夏收复南牟会城，复筑，故称南牟会新城。宋元符二年（1099年），南牟会新城复为宋地，置西安州，属秦凤路。靖康元年（1126年）西夏又攻取西安州，更名为南威州，又名安州。
　　元初，大批回回人来此定居，称为海喇都原，置海喇都堡，属开城路。元豫王建国于海原西安州。明为楚王（朱桢）、黔宁王（沐英）牧地，海喇都堡又称海城，属固原州。成化年间设西安、镇戎、平虏守御千户所。清初属平凉府，顺治三年（1646年）隶平凉府盐茶同知；乾隆十二年（1747年），原驻固原城的盐茶同知移驻海喇都堡，起建厅署，遂为盐茶厅城。
　　同治十三年（1874）裁厅设海城县。民国三年（1914）改称海原县，属甘肃省平凉专区。1936年，中国工农红军西征部队解放了海原县东北部（高崖、李旺、关桥一带），将此处与同心县的一部分组建为[font style="BACKGROUND-COLOR: #ffff00"]我[/font]国第一个县级民族自治政府——豫海回族自治县（后红军转移，豫海县消亡）。
　　1949年8月，海原解放，属甘肃省定西专区。1950年6月，海原县划归平凉专区。1953年12月，改属甘肃省西海固回族自治区辖。1955年12月归甘肃省固原回族自治州辖。1958年10月划归宁夏回族自治区固原地区。1970年固原专区改为固原地区，海原仍属其管辖。2001年撤销固原地区，设立地级固原市，海原县属固原市管辖。
　　2003年12月31日，国务院（国函[2003]139号）批准将固原市的海原县划归中卫市管辖。2004年2月10日，海原县整建制划入新成立的中卫市管辖。
　　民国十七年（1928年）将全县划为5个自治区实行自治，民国二十二年（1933年）改为区，次年撤销区，实行乡镇、联保、保、甲制，组建了海都镇1镇和宁远、维新、安仁、清和、安化5乡，镇乡共辖22联保、91保、923甲。民国二十四年初，将海都镇撤销，改置为万梅乡。万梅乡驻海城，辖6联保、13保、184甲；宁远乡驻李旺，辖5联保、20保、187甲；维新乡驻新营，辖4联保、22保、243甲；安仁乡驻西安，辖2联保、10保、100甲；清和乡驻红古，辖2联保、12保、104甲；安化乡，驻何家店，辖3联保、9保、105甲。同年，撤乡设区，以原乡改置为区，以数字序号为名。1937年，将6个区调整为4个区。
　　1940年，实行新县制，撤销区和联保，改为乡镇辖保甲制。全县分为复兴（驻海城，辖6保）、西（驻西安，辖6保）、高崖（驻高崖，辖7保）、李旺（驻李旺，辖7保）、杨郎（驻杨郎，辖3保）、正气（驻郑旗，辖5保）和新营（驻新营，辖8保）等7镇和新民（驻马营，辖6保）、兴仁（驻兴仁堡，辖3保）、阎芳（驻龙池湾，辖6保）、武塬（驻袁家河，辖10保）、旧营（驻旧营村，辖5保）和大寨（驻夏家堡，辖6保）等6乡。
　　民国三十一年（1942年），甘肃省新建西吉县，将海原县所辖旧营、武塬、大寨3个乡及新营镇、西安镇的部分保甲划归西吉县。同时，新营镇改置为古城镇。
　　1944年，杨郎镇划归固原县；固原县李俊乡划归海原县管辖。1946年，大营地地区划归通渭县管辖。
　　1949年8月，海原解放。全县组建为6个区，下辖46个乡，202村。城关区驻海城，辖城关、黎庄、高台、双墩、徐坪、马营、扬湾、王塘、黄坪、曹洼等10乡；西安区驻西安，辖西安、薛套、相桐、园河、白吉、麻春、红井等7乡；兴仁区驻兴仁堡，辖兴仁、西里、徐套、红柳等4乡；高崖区驻高崖，辖高崖、兴隆、红古、黄谷、香水、草场、场坊、贺堡、关桥、龙池、驼场、罗山等12乡；李旺区驻李旺，辖李旺、韩府、穆家团庄、郑旗等4乡；李俊区驻李俊堡，辖李俊、九彩、杨明、瓦房、木头、红羊、石塘、关庄等9乡。
　　1950年3月，李俊区增置杨堡、红圈、罗川、上川4乡。1951年5月，兴仁区增置浪水乡。1952年8月，增置郑旗、红羊2个区；原6个区的辖地有所调整，并增置了23个乡。
　　1953年4月，增置关桥、曹洼2个区；撤销八斗、马湾2个乡，新置武塬、后堡2乡；再次调整各区辖乡。9月，靖远县盐池乡划归海原县西安区。1954年4月，李俊区增置新庄乡。
　　1955年增置徐套区。至此，全县共辖11个区76乡，其中五井乡由县直管。第一区驻海城，辖城关、黎庄、高台、双墩、徐坪、马营、杨坊、武塬8乡；第二区驻西安，辖西安、薛套、园河、相桐、白吉、麻春、盐池、树台、范台9乡；第三区驻兴仁，辖兴仁、西里、浪水、蒿川、王团、郝集6乡；第四区，驻关桥，辖关桥、龙池、驼场、贺堡、罗山；第五区驻高崖，辖高崖、兴隆、红古、黄谷、香水、草场、红岸、王团8乡；第六区驻李旺，辖李旺、韩府、罗川、杨堡、穆家团庄、红圈、上川、杨山8乡；第七区驻郑旗，辖郑旗、西沿、贾塘、撒台、吴湾、杨湾、王塘、双合8乡；第八区驻李俊，辖李俊、九彩、杨明、瓦房、木头、姜谢、新庄7乡；第九区驻红羊，辖红羊、石塘、关庄、红井、大嘴、北岔、山岔7乡；第十区驻曹洼，辖曹洼、黄坪、脱烈、刘套、后堡5乡；第十一区驻徐套，辖徐套、白套、红柳、李寺4乡。
　　1956年撤销第一、十、十一3个区和县直属的王井乡，组建了城关乡由县直管；各区辖乡合并调整为35个。1958年1月，撤销第四、九2个区；城关乡改为城关镇，仍由县直管；将贺堡、杨坊2乡改为县直属。
　　1958年年10月，人民公社化，组建了西安、盐池、树台、兴仁、蒿川、徐套、关桥、红柳、杨坊、高崖、黄谷、李旺、罗川、马营、曹洼、贾塘、西沿、郑旗、李俊、九彩、杨明、关庄、石塘等23个人民公社，城关镇不变。11月，城关镇改为城关公社。
　　1959年5月，撤销马营、曹洼、红柳、黄谷、西沿、石塘、树台、罗川、杨明、关庄、盐池、九彩12个公社，其辖地并入其他公社；新组建红举公社。1960年5月，从兴仁公社划出一部分，成立县办王团农场。
　　1961年8月，恢复组建了树台、罗川、杨明、盐池4个公社；同时组建李旺、李俊2个区，管辖8个公社，其余的11个公社和1个农场由县直管。1969年6月，撤销了李旺、李俊2个区
　　1981年5月，增置九彩公社。1984年1月，公社体制改革，所有公社改为乡；6月，撤销杨坊乡，增置了史店、双河、罗山3个乡。
　　1985年12月，设立高台、曹洼2乡；城关乡改置为海城镇；至此，全县共辖海城镇1镇和红羊、罗川、双河、李旺、徐套、关庄、蒿川、盐池、西安、史店、曹洼、树台、关桥、贾塘、兴隆、高崖、兴仁、九彩、郑旗、杨明、李俊、罗山、高台等23乡。　（* 资料出处：《宁夏现代政区变迁沿革》，冯茂著，宁夏人民出版社，1998年9月第1版，银川）
　　2000年，海原县辖3个镇、21个乡。根据第五次人口普查数据，全县总人口343960人，其中：海城镇 34100人、李旺镇 25941人、兴仁镇 18978人、史店乡 15381人、双河乡 7910人、高台寺乡 14143人、西安乡 22328人、树台乡 22764人、罗山乡 8755人、关桥乡 14206人、盐池乡 6249人、徐套乡 6623人、蒿川乡 8195人、兴隆乡 15480人、高崖乡 18604人、郑旗乡 20304人、罗川乡 7782人、贾塘乡 15668人、曹洼乡 10055人、九彩乡 10177人、李俊乡 10597人、杨明乡 8397人、红羊乡 11322人、关庄乡 9154人、涵养林虚拟乡 847人。
　　2005年底，全县总人口386776人，其中农业人口占92.6%、非农人口占7.4%；其中回族占70.4%，汉族占28.8%。人口密度70人/平方千米。
　　最新调整
　　经宁夏回族自治区政府同意：将海原县兴仁镇、蒿川乡划归中卫市沙坡头区管辖；将固原市原州区黑城镇划归海原县管辖（2008年2月18日正式移交）。

　　截至目前，海原新区建设总体规划基本完成，已征地10290亩，拆迁502户，迁坟4539座，建设农民安置点2个，修建回汉公墓各1处．安置点70％的农户已完成建房任务，50％农户已入住。基础设施全面启动，办公楼的建设已稳步推进，并同17家企业签订投资协议，5家已开工建设。温家宝总理来宁视察时指出：“关于海原县政府驻地迁移问题，有关部门要认真研究，切实加强科学论证和规划工作，国家要给予必要的支持和补助”。在国务院《关于进一步促进宁夏经济社会发展的若干意见》中，明确指出要“切实做好海原县政府驻地迁移的科学论证和规划工作，国家适当提高补助标准，确保当地社会稳定”。海原新区的建设是自治区党委、政府对海原未来发展的一项重大战略决策，是自治区加快中部干旱带脱贫致富的步伐，是解决海原县经济社会发展滞后问题的重要战略举措。